建立中央地方规范的公共职责分工体制必然对行政区划体制改革提出新的要求，需要切实把缩小政府层级作为新阶段行政体制改革的重要任务提上日程。中央地方事权分工也好，财力配置也好，都离不开行政区划改革。分税制改革以来，中央与省的分税制取得很大进展，但省以下分税制始终难以取得实质性进展，主要原因在于财政层级过多。二十几个税种在中央、省、市、县、乡镇五级财政分，要分得合理是非常困难的。事权划分也一样，多一级政府就更加复杂。从新阶段改革的切入点来看，可以考虑按照城市化和城乡一体化的要求推进行政区划体制改革。
1. 逐步推进财政上的“省直管县”向行政上的“省直管县”过渡
“十一五”时期，适应城乡一体化的趋势，中国在绝大多数省份都实行了财政上的“省直管县”，在强化县级政府公共服务职能上迈出了一大步。如果能够在此基础上，逐步推进行政上的“省直管县”，将为城市化和城乡一体化创造更为有利的条件。
从城市化的角度看，行政上的“省直管县”将进一步扩大县级政府经济发展权限，更有利于县域经济、中小城镇发展。这可以优化城市经济布局，矫正过于重视大中城市，忽视中小城镇的弊端，形成大中小城镇协调发展的城市经济新格局。
从城乡一体化的角度看，行政上的“省直管县”，一方面通过县域经济发展带动农村经济发展，并有利于农民工就地转移；另一方面，由于县级政府财力的增强，有利于提高农村公共服务水平，实现城乡基本公共服务一体化。
中国可以分三步走实现行政上的“省直管县”。第一步：在所有有可能的地区实现财政“省直管县”；第二步：从市县数量比较少的省份开始试点，选择有条件的地区推行行政上的“省直管县”；第三步：最终实现行政上的“省直管县”。通过增设省级单位，减少省管理市县数量等配套改革措施，全面实现行政上的“省直管县”。
2. 在“乡财县管乡用”的基础上，鼓励将乡镇政府转变为县级单位的派出机构
“十一五”时期,也有较多的地方在县乡财政体制改革中实现了“乡财县管乡用”，比较好地减轻了农民负担。在条件成熟的地方，鼓励将乡镇政府转变为县级单位的派出机构，使县乡财政管理模式与行政层级相一致。应当看到，将乡镇变为县级的派出机构，既有利于县级政府统筹辖区内城乡一体化，又有利于减少财政供养人数，还有利于发挥市场活力，给社会组织参与公共治理留下较大的制度空间。
在县乡财政体制改革中，对于是否保留乡镇一级政府建制争议比较大。尤其是一些人认为乡镇政府是县级政府的重要抓手。“上面千条线，下面一根针”，比较形象地说明了乡镇一级政府在传统体制中的重要性。但应看到，乡镇一级政府的存在是与计划经济时代经济社会管理方式分不开的。计划经济时代，县级政府管理是自上而下、事无巨细，管得面宽而且细致具体，在这种情况下，下面如果没有乡镇这个抓手就无法开展工作。
但在今天，传统的行政控制型管理办法不仅不利于搞活经济，也不利于城乡一体化，甚至会产生较多的“官民矛盾”。适应新的形势，可以考虑进一步推动县乡行政体制、财政体制的联动改革。首先是县级政府要把管不了也管不好的职能一部分交给市场，一部分交给社会组织，将县级政府不适当的职能精简下来，这就会给同步减少乡镇机构职能创造有利条件。与此同时，按照县级统筹辖区经济一体化的要求，将乡镇机构的经济职能上收到县一级政府，使乡镇主要成为农村公共服务的执行者。考虑到许多农村公共服务可委托市场和社会组织去做，仍有进一步精简乡镇政府的空间。
