中国新阶段公平与可持续发展的四大突出矛盾，都同政府转型滞后直接相关，解决这些矛盾，都有赖于政府转型的新突破。从这个意义上说，政府转型成为影响第二次转型与改革的全局性因素。
1. 解决资源环境约束的突出矛盾，关键在于实现经济运行机制由政府主导向市场主导的转变
“十一五”规划将节能减排指标纳入约束性指标，但从规划实施的实践看，中国经济体制改革尚未到位，体制性的节能减排尤为重要。当前节能减排的突出矛盾是政府主导的经济运行机制。
（1）行政主导的资源环境价格形成机制，使节能减排缺乏市场基础。经过30年的改革，中国商品价格已基本实现市场化，但资源要素及环境领域的价格市场化进程缓慢。资源要素价格在很大程度上受行政控制，难以反映市场供求关系、资源稀缺程度及环境损害程度。低价能源使高耗能企业拥有较大的利润空间，企业缺乏产业升级动力。环境成本内部化机制不健全，使环境成本难以纳入产品总成本，客观上鼓励高污染、高能耗产业的发展，不利于低碳经济和低能耗产业发展。比如，中国是水资源严重短缺的国家，但水资源价格偏低，2006年供水行业的利润率仅3.61%，约为全国各行业平均数（6.74%）的一半。能源价格管制造成能源相对便宜，诱导消费者增加能源消费，甚至用能源替代其他价格已经上涨的商品。
（2）政府主导的经济运行机制还表现在资源、能源领域的行政垄断。“十一五”时期垄断行业改革有所进展，但总体来说进展不大，在某些领域甚至存在比较突出的“国进民退”现象。改革实践表明，垄断行业不形成有效竞争的格局，资源、能源价格很难真正反映市场供求关系。为此，要真正形成反映资源环境成本的资源能源价格机制，需要同步推进资源要素价格改革与垄断行业的改革。
2. 建设公共服务体制，关键在于强化政府在公共服务供给中的主体地位和主导作用
20世纪90年代，“新公共服务理论”在西方发达国家普遍推行。就是在强调政府主体地位和主导作用的同时，进一步强调市场和社会在公共服务领域发挥积极作用，提高公共服务供给效率。中国在这一时期也推进了教育医疗等公共服务事业改革，但在实践中往往演变成为政府“甩包袱”，使得老百姓上学难、看病贵的矛盾相当突出。
（1）政府责任是公共服务体制的基础。应当看到，“新公共服务理论”的前提是政府在公共服务供给中承担最终责任。没有这个前提，市场的作用、社会组织的作用不仅难以发挥出来，还会出现新的扭曲，使得公共服务供给既难以符合公平的原则，也难以符合效率的原则。
（2）公共服务体制建设关键在于完善政府的社会职能。新阶段建设公共服务体制，就是要矫正政府在社会领域职能的缺位，就是要确立强化政府在公共服务供给中的主体地位和主导作用。只有当政府在公共服务供给中的主体地位和主导作用制度化，政府才能够为全体社会成员提供均等化的基本公共服务，才能在缓解公共产品短缺上有所作为。
