我国现阶段进行的教育体制改革的基本目标是改革在计划经济体制基础建立起来的教育体制，建立适应社会主义市场经济体制的教育体制。故教育与市场的关系、市场对教育发展尤其是对教育资源配置的调节作用是改革的一个重要内容和取向。然而，教育具有市场不完全性和分配不平等性的特征，作为一种稀缺资源，只凭市场力量，难以保证教育资源配置的公平，并导致扩大教育的贫富差距。
因此，教育的公益性特征以及市场作用的局限性，决定政府在教育发展中的主导作用。但是政府作用也存在局限性：
一是政府的内在性，导致较高的单位成本和比社会有效水平更低的非市场教育产出水平，从而产生了政府失灵；
二是在政府管理过程中，获取、加工信息的过程和管理过程被分离，管理者和信息员各司其职，这种“分工”的优势可以形成规模信息和规模管理，产生规模效益，但难免出现“信息滞留”，导致信息成本提高、效率降低的情形，大大降低了政府决策的有效性；
三是“经济人”问题，在我国教育法制不健全的制度环境下,教育管理者往往倾向于追求其自身特殊的利益，而不是为公众领域所要达到的最终目标努力。
诚如斯蒂格利茨所言，虽然市场存在失灵问题，且要求政府以某种形式进行干预，但它没有必然地要求政府进行生产。由此可见，无论选择政府或市场，都有可能功能失灵，产生既低效又不公平的后果。因此，在体制创新上，我们既不能选择纯粹的市场，也不能选择纯粹的政府，而是两者相互作用，避免政府与市场的内在缺陷。
目前来看，政府和市场都存在“缺位”和“越位”的问题，其中政府的“缺位”和“越位”是主要的。所谓“缺位”主要是指在规范市场规则、维护公平竞争的市场秩序、保护弱势群体利益，保证社会公平等方面没有充分履行政府职能，如教育公共财政制度和学生资助制度仍需完善，政府对公办学校经费拨款占教育经费比例明显下降，包括对农村义务教育的投入一度不能保证教师工资的按时足额发放，其他办学条件更得不到基本保证，造成农村教育尤其是义务教育的严重困境。所谓“越位”是指某些地方政府以不同方式介入市场运作，包括公办学校改制、名校办民校中的政府介入，政府建校用民办机制运作等形式，这样做的后果是公共权力进入私人领域，实际上是一种权力寻租行为，一方面政府成为利益相关方，难以维护公平竞争；另一方面公职人员参与市场运作，同学校的相关人员形成利益集团，必然成为改革的阻力。
一、教育公共财政制度的滞后
尽管2000年后政府制定了一系列政策来改善农村义务教育，然而这些工程还是政府实施的专项政策，并不是制度安排，财政部已经提出的义务教育经费保障新机制，是朝着这个方向前进的重大步骤，但要实现真正的、全面的免费义务教育还有赖于国家公共财政制度的建立。
从义务教育经费保障新机制的实施效果来看，一方面，新机制不能平衡各地区的教育经费需求差异。据对吉林省安图县的调查显示，自实行农村义务教育经费保障新机制后，虽然比“一费制”期间有很大的改观。但是，“新机制”是按学生人数拨付给学校经费，而有的地方尤其是朝鲜族人口下降的地区，生源逐年减少，学校的相关费用，如取暖、水电、电话和其他相关费用却没有减少，造成部分学校经费紧张。二是建立危房改造的标准问题，按照国家标准制定的危房改造资金缺口由谁负担？以湖北省为例，自2003年9月以来，新增D级危房面积接近200万平方米，按照每平方米350元的国家参考标准测算，2005年后全省还需投入7亿元资金用于危房改造，而这些经费除每年“固定转移支付用于危改的资金”约9000多万元外，没有其他稳定的来源渠道。三是教师的工资评定标准问题。“新机制”免收学生的杂费后，教师的工资全部由财政负担，评定工资的标准主要是老师的工龄和职称工资即所谓国标工资，各地的地方性津贴和年终奖励都不在现有的经费保障机制之列，学校更没有经费奖励优秀教师，对教师激励不足导致没有能力吸引或留住人才。因此，政府需要在基本标准的基础上，核定不同地区的生均成本，并由此建立教育公共财政制度，为义务教育发展提供持续的制度保障。
二、学生资助制度仍需完善
学生资助制度按照是否需要还款可以分为两种，一种是针对贫困线以下学生发放的奖助学金或减免学费，不需还款；另一种是学生贷款，借贷学金，政府贴息，有固定收入后逐年还贷。
目前，这两种方式存在的问题主要包括两个方面：第一、政府资助力度稍显偏低。2007年助学金资助面加大，相当于过去的7倍，中央与地方共同设立国家励志奖学金，资助面平均占全国高校在校生的3%；然而，2007年中国居民消费价格(CPI)上涨4.8%，学生资助标准却没有变化，学生拿到的资助并没有因CPI上涨而增加。第二、学生助学贷款和还款制度缺乏监督机制。2007年7月18日，中国工商银行北京分行以“债务催收公告”的形式将1200余名拖欠助学贷款的违约借款人的个人信息公布于众，本息总计7151890.96元，意图借助媒体和社会力量达到征收欠款的目的。姑且不论是否涉及个人隐私，这却暴露了我国助学贷款还款制度的缺陷。一方面，我国助学贷款是定期等额还款，还款期限和还款金额是预先确定，与还款人的实际收入无关，对违约拖欠缺少保护是它的先天缺陷。另一方面，与之相配套一系列制度仍然不成熟，一是缺失居民收入透明和核查制度，我国收入制度不透明，难以获得家庭劳动收入和非劳动收入状况，以现有的家庭经济状况判定学生是否应给与资助有失公平；二是金融信用制度的不完善，银行在获取助学贷款借款人信息时往往处于被动，信息掌握不完全，同时借款人获取贷款后，毕业时因工作流动等原因合同所记信息“失效”，导致银行难以追回贷款，双方信息的不完全和不对称使信用的性质发生一定程度的扭曲，影响金融信用的效率；三是学生信息跟踪制度不完善，学生毕业后家庭住址、电话、工作单位变动等很难联系到个人，有可能导致欠款不还。
三、民办教育缺乏公平竞争的制度环境
义务教育阶段，在完全由政府主导的学校运行机制中，学校运作缺少有效、公开、公平的教育财政预算、拨款、审计和评估制度，甚至投入、资助失衡，造成教育资源配置的非均衡化，学校之间的竞争不能处于同一公正的平台之上。最近几年随着政府财政收入的加速增长，财政性教育经费明显增加,校舍设施、办学条件越来越优于民办学校，教师待遇的改善也使民办学校增加成本的压力，特别是义务教育的全免费更使民办学校的生源产生困难，同公办学校相比失去竞争优势。
高等教育阶段，对于民办学校而言，一是法律对民办学校法人治理机制的规定模糊，民办学校法人属于民办非企业单位法人，但民办学校在经营过程中存在一定风险，甚至可能破产，由于其法人治理结构的滞后，会对受教育者造成极大损害，不利于保护学生、家长及社会的利益，也不利于保护出资者的利益。二是民办高校面临生源竞争的不公平高等教育招生由政府指标分配，而政府招生主要给公办学校，民办高校招生又规定在于公办学校选拔之后，直接影响民办高校的生源质量。三是教师资源配置竞争的不公平。公办高校教师属于体制内人事劳动管理，而民办高校教师则是体制外的合同聘用制，使得公办高校对教师吸引力天然地大于民办高校。
四、现代大学制度尚未成熟
学校制度面临着自它从工业社会产生以来最巨大的挑战与压力。从现实的角度说，一方面社会对教育越来越高的期望和并不相称的支持之间的矛盾，使得学校越来越成为社会批评的对象；另一方面政府投入不足，质量要求却越来越高，学校为获取生存和发展的资源，引起许多制度失范的现象。
以学校内部管理为例。我国法律规定了学校的法人地位。我国《教育法》第三十条规定，“学校的教学及其他行政管理，由校长负责”，确立了校长负责制的法律地位，并详细规定学校的权责范围。《中华人民共和国高等教育法》明确规定了高校的法人地位，第三十条规定，“高等学校自批准设立之日起取得法人资格。高等学校的校长为高等学校的法定代表人。高等学校在民事活动中依法享有民事权得，承担民事责任。”然而，学校实际运行中，各种权力相互交错，降低了学校管理效率。基础教育领域内，校长负责制权责模糊，校长自主权的“外控”和对下权力难以监督。地方和基层学校行政部门对学校的科层化和集权化管理没有得到根本改变，校长负责制并未使学校从根本上摆脱“外控”的管理模式。高等教育领域内，行政权力与学术权力之间尚未形成成熟的协调和制约机制，行政主导型的管理体制削弱了学术权力在高校管理和运行中的作用。
此外，改革中制度设计还需要考虑三个问题。
一是公平和效率问题。制度设计中，公平和效率是很重要的依据。如果选择公平优先，必然是发展公办教育；如果更强调效率，必然是强调学校差异，强调市场的作用。如何把握公平和效率的度是改革的难点。过去，改革取向是改变效率不高的行为，强调效率，尽可能发挥市场在调节供求中的作用。最近几年，改革取向发生调整，改变教育不公平现象，更强调公平发展，强调均衡，在确保公平的底线上寻求效率，因此需要继续进行公办学校多样化的探索。
二是教育属性问题。教育事业属性和产业属性的界定对我们设计制度是很有帮助的。比如文化体制改革区分了事业和产业属性，而教育还没有这种界定，所以我们在处理教育产业化的问题时，出现了强化政府权力倾向和政府包办的呼声。
三是教育所有制和产权问题。目前已经呈现教育资产主体多元化以及收益主体多元化的局面，需要理顺各种产权关系，产权内容已经发生变化，如江苏宿迁公办幼儿园出售，整体转让产权；浙江台州椒江区实行教育股份制，部分转让产权；还有产权的无偿转让，如公办学校品牌，无形资产的无偿使用等。
