转型期体制改革的重要特点被称为是“内部人改革”，即在缺乏社会参与和利益博弈机制的情况下，由掌握重要资源的权力部门自己进行的改革。它容易造成基于垄断而产生的部门利益及特殊利益集团，造成扭曲的市场和不公平竞争，败坏改革的形象，引致人们对改革方向的怀疑。打破“内部人改革”的关键是推进政府行政治理制度改革，这也是突破利益集团对改革阻力的根本出路，而行政治理制度改革的任务已经不能停留在简政放权这样的层面，而是要在制度设计、制度建设、制度创新基础上，提供新的制度供给。
政府治理制度的变革反映在教育领域，在从计划经济体制下的教育体制向市场经济体制下的教育体制的演变过程中，政府的作用及其管理方式的变化表现在三个方面：
一是政府系统内部，中央与地方、部门与部门，即集权与分权；
二是政府与学校，即管制与服务；
三是政府与社会，即公共服务的生产与提供。从改革的进程看，三者的变化程度是递减的，政府系统内部的改革调整力度最大，包括：中央与地方政府在基础教育、高等教育管理权的下移；高等教育部门办学、条块分割转变为条块结合、以省为主；建立国家教委（现为科教领导小组），加强政府统筹等。在政府与学校关系上，明确学校依法自主办学的地位和权利，学校也比过去享有更多的自主权，但仍未建立完善的制度，既有政府干预过多，也有监管不严的问题。在社会参与方面并未有实质性变化，基本处于政府直接控制之下。因此，政府治理制度、学校制度与社会参与制度都需要在进一步的教育改革中得以完善。
一、完善政府职能
合理确定政府在教育管理中的应有职能，哪些地方可以进入市场机制，哪些必须由政府承担，防止政府在管理中的越位、错位和缺位现象，有效地发挥政府的社会管理和公共服务职能；探索政府全面履行职能的实现模式，规范行政权力和行政行为，运用法律手段实施教育管理，真正实现政府治理方式从“全能政府”向“有限政府”转变，从行政指令向法治政府转变，从“正面清单转向负面清单”，从“管制型政府”向“服务型政府”转变。包括建立教育公共财政制度，调动地方政府的积极性，中央政府通过立法、规划、拨款等方式进行宏观管理；多元化学生资助的参与者，鼓励社会力量参与学生资助的同时，完善学生贷款模式和监督机制；以及进一步明晰高等教育领域内投资主体与办学者的权责，根据政校分离的原则，实现所有权与经营权相分离，最终建立成熟的现代大学制度等。
二、建立现代学校制度
建立现代大学制度，首先，有四个问题需要探讨：一是如何看待我国学校的法人地位？因为学校是否具有法人资格，在不同国家情况是不同的。如日本近几年刚进行大学法人化的改革，目的是为了给大学以更多的自主办学权力，也承担更多的责任；而中小学仍未明确其法人资格。可见，学校法人资格和地位是探讨现代学校制度需要回答的现实问题。
二是如何设计和安排不同类型学校的产权和管理制度？一方面它们都是独立的自主办学的实体，都应该依法自主办学；另一方面由于办学主体不同，其产权关系、同政府的关系包括政府的管理内容和方式都有所区别，需要加以具体设计，并纳入法律框架。
三是学校管理中，政府如何区分所有者和管理者的角色？作为所有者，政府如何实施对国有校产的监管，其有效的组织形式与制度框架有待探索和实验；作为管理者，政府对所有学校包括公办学校和民办学校应该一视同仁，不应有亲疏之分。
四是如何看待学校经营？经营问题实际上就是要在学校管理中引入“成本——效益”的机制，现在许多学校在招生和就业中应用的市场拓展手段，在学校发展中用的“品牌”战略，在选择性教育中用的收费办法以及在学校管理中应用的绩效制度、后勤企业化经营等做法，实际上都带有学校经营的性质，问题在于是把这些经营手段作为学校发展的基本战略？还是作为学校管理的一种手段（同时把它限制在特定的范围，服务于学校教育教学的根本目的）？我认为应该是后者而不是前者。
其次，建立学校依法自主办学的法律制度。只有通过法律形式确定的政府与学校的关系，才具有公正性和稳定性，而如果政府与学校的关系及其权利和义务仅由行政单方面决定，就既缺少不同利益主体之间的博弈机制，也缺少制定或改变规则的法定程序，也就难以保证学校与政府的关系以及学校地位的公正性与稳定性。
再次，完善学校治理结构中行政权力与学术权力相互制衡的制度安排。学校工作的主要内容是教学和科研，而教学和科研的主体是教师，因此，如何确定教师在学校治理结构中的地位和作用，如何确保教师在教学和科研中的自主性，是学校治理结构中的关键性问题。从宏观方面说，要解决教育法规如何保障教师的合法权益，如何保障学术自由的法律和政策环境，如何建立健全的教师资格制度，如何实施保证教师有一定自由度的课程政策等问题；从学校治理方面说，要在组织架构和制度程序上体现“行政力量——市场力量—学术力量”的相互协调和制衡的机制，其中特别重要的是，教师或教师代表要参与决策和管理机构，行使相应的权利；教学和学术领域的问题，不能完全用行政决策和行政命令的方式处理，而要由教学人员自主地决定和实施。总之，在学校治理和学校运行过程中，要避免过分行政化的偏向，使教学和学术活动真正成为学校活动的中心，并通过教学和学术的创新过程，使行政力量与学术力量实现互动和制衡。
最后，完善学校决策、执行、监督机构间相互制衡的制度安排。现行的校长负责制的管理体制实际上是决策与管理合二为一的体制，需要在具体实施中补充决策机构和相应的机制，可以有两种做法：一是建立相应的决策机构，吸收校内外相关的利益代表参加，重大问题由决策机构议决，需要由决策程序作保证；二是学校规模较小的，不必建立决策机构，可以通过建立重大问题的决策程序和制度，保证决策的民主化和科学化。
