虽然住房制度改革发展进程较快，并随着市场的变化和发展随时进行调整，但与全面建设小康社会、构建和谐社会的发展目标相比，住房制度仍不完善。主要表现为政府公共服务职责缺位，住房保障发展滞后，调整住房供应结构步伐较慢，住房法律制度有待健全和完善等。深层次的原因是住房体制机制还不完善，符合国情的住房建设和消费模式尚未建立。
一、住房法律体系有待完善，住房制度改革的重心未能时向住房发展目标转化
目前，在住房制度建设中，还缺乏一部基本法，即住宅法。大部分规定是以政策和规章制度体现的，立法层次不高，缺乏长远性和长效机制。解决全社会的住房问题又是一项长期的工作，最重要的是要加强立法，把住房制度纳入法制化轨道。
另外，随着房改任务的逐渐完成，住房制度改革的重心应逐步转向制定科学的住房发展规划和目标。通过科学的规划和明确的目标、保障手段等，逐步实现全面建设小康社会的住房发展目标。目前，大部分地区房改任务工作量较小，编制的住房发展规划缺乏科学性和可持续发展机制，流于形式化，不利于住房制度建设的不断完善和房地产业的持续发展。在当前住房保障供需突出的形势下，更应加大完善保障性住房的相关法律制度，调整保障性住房相关机制。
二、多种因素导致政府的核心作用未得到完全发挥
随着房地产市场的快速发展，房价的持续走高，广大低收入家庭住房消费能力相对降低，过去依赖市场化途径解决住房问题已面临重重困难。市场不是万能的，市场失灵部分就需要政府积极干预及时跟进。但由于政府在保障性工作中的滞后性，导致住房保障工作缺位，政府在行使公共职能方面未能充分有效发挥其职责。
住房保障工作缺乏长效机制。住房保障是伴随经济社会发展长期存在的问题，并且在不同的发展阶段，保障政策目标及保障对象、内容、标准和具体要求也存在差异，只有着眼长远、制定有效措施才会逐步解决这个问题。目前，各地普遍都对住房保障问题缺乏深入研究，因此，不能结合实际，科学确定保障的条件、人数比例及具体措施；未将住房保障列入政府工作长期规划和年度计划，保障目标不明确、保障依据不充分、保障措施单一，导致短期性、应对性、随意性的行为较多。
三、保障资金缺乏长期稳定渠道，公积金增值收益和土地出让收益只能解“燃眉之急”
从发达国家的经验来看，各国在公共财政支出中都有社会保障住房一项，为住房保障提供稳定的资金来源。例如英国中央财政预算中的住房保障资金，大约占预算支出总额的6%左右。德国虽然规定由州政府负责解决居民的住房问题，但中央政府财政预算中也有相当一部分的住房保障资金。如1999年度，德国联邦交通和住房部掌握的州际道路交通及住房资金500亿马克(仅次于社会保障部)，用于住房的资金占100亿马克；其中住房储蓄奖励全部由中央财政负担。
当前，大部分城市的住房保障资金来源主要是住房公积金增值收益和土地出让净收益等，只有上海等很少的城市建立了财政资金支出主渠道。而租金补贴方式的住房保障方案，则需要长期稳定的资金支持。
四、 保障性住房的供应与分配体系还不健全，难以形成退出与回购机制
由于政府不可能无限制建设保障性住房，从长远来看，怎样利用有限资源，做好保障性住房存量流转工作势必会成为政府的一项重要工作。腾退机制是廉租住房制度的重要内容，但在一些城市的廉租住房腾退过程中，已不符合配租条件的家庭拒不腾退，廉租住房的退出机制很难得以实行，造成年度复核流于形式。退出机制的难于执行的根本原因在于，住房保障供应体系还不健全。目前的保障性住房体系，并没有解决“夹心”群体的住房问题，即不符合廉租住房条件，又购买不起经济适用房的人群。目前，虽然廉租住房上浮收入线标准的规定要求，但由于缺乏收入诚信系统和有效审核机制，再加上地方政府财力所限，很难大面积实施。而一旦目前正在享受廉租政策家庭的收入超过廉租标准，因缺乏从廉租住房到经济适用房的过渡住房产品，势必造成这部分家庭不愿退出或不能退出。
五、缺乏住房保障的基础条件，住房保障供给予与实际需求错配
由于住房档案和收入信息系统不健全，目前在住房保障制度实施过程中，无论是补“砖头”还是补“人头”，都面临无法准确界定住房保障对象的尴尬境地，从而出现保障供给与实际保障对象错配的问题。如一些地方虽然制定有廉租住房准入标准，但由于无法真正掌握收入和住房状况，无法准确审核保障对象的实际收入，造成了保障供给与保障对象存在一定程度的错配，影响了保障政策的有效性。住房档案和收入信息系统不健全，既有历史的原因，也有重视、投入不够的原因。目前基本上还没有建立住房档案和收入档案，或即在某一时期建立也没有实施动态管理，导致住房保障政策制定缺乏必要的客观依据。
六、基层管理力量薄弱，人员缺乏，难以适应工作需要
香港只有600多万人口，但房屋署的工作人员最多时达一万人。全国5亿多的城镇人口，从事住房保障工作的人员仅3000人，其中专职人员仅有1000多人。如北京市虽然在住房保障工作中，初步搭建了市、区、街（乡镇）三级审核的架构，但基层管理力量薄弱，尤其是街道一级住房保障职能不明确，没有独立的部门对保障性住房进行政策宣传、入户调查、审核公示等基础性工作进行管理，尤其是廉租住房制度，其主要工作在于加强后期管理，如后期动态监管、定期审核、物业管理等工作人员缺乏，影响了廉租住房工作的推进。
