当前，我国已进入改革发展的历史新时期。由于新时期矛盾的阶段性变化，改革发展呈现一系列新的阶段性特征。从新时期改革的现实需求看，推进大部门制有三个重要目标：一是加快政府转型；二是进一步理顺中央、地方关系；三是建立完善的公共治理结构。为此，推进大部门制将全面开启新阶段的政府改革，并由此寻求新时期全面改革的新路。
一、以大部门制为突破口的行政管理体制改革已成为新阶段全面改革的重点
进入发展型社会，我国的社会矛盾发生了阶段性变化，呈现出阶段性特征。与30年前相比，新阶段面临日益突出的两大矛盾：一是经济快速增长同发展不平衡、资源环境约束的突出矛盾；二是公共需求的全面快速增长与公共服务不到位、基本公共产品短缺的突出矛盾。这两大阶段性矛盾对新时期的政府提出了新的要求。一方面，要求政府必须适应深化市场化改革、促进经济可持续发展的需要；另一方面，要求政府加快建立公共服务体制，促进和谐社会建设。
在这个新形势下，以大部门制为突破口的行政管理体制改革，作为推进政府全面改革的抓手，尤为重要。当前我国各项改革的深化都与行政管理体制改革密切相关。例如，以理顺政府与企业关系为重点的市场化改革、以理顺政府与社会关系为重点的社会体制改革以及以理顺中央地方关系为重点的公共治理结构的改善，都受制于行政管理体制改革的实际进程。因此，推进行政管理体制改革，不仅涉及如何提高政府效率的问题，重要的是涉及如何有效转变政府职能、完善公共治理结构、理顺中央地方关系的问题。这是一个重塑政府、再造政府的过程，也是一个包括财税体制、监督体制、干部人事制度等在内的全面改革的过程。
二、大部门制改革的实质在于推进各级政府转型，理顺各级政府关系，并且建立良好的公共治理结构
适应新阶段改革发展的要求，应当将全面开启政府改革作为大部门制的基本出发点。
一是推进政府转型。大部门制不仅是保障政府转型的有效措施，更触及政府转型的根本性问题。一方面，适应经济发展方式转变的要求，通过大部门制改革进一步推动政府从经济建设型转向公共服务型。例如，有效减少对微观经济领域的干预，加强政府中长期战略规划职能，加强国家的能源战略职能，加强国家对外经济战略职能，强化市场的监管职能和统筹协调，扩大国家环境保护职能等。另一方面，适应和谐社会建设的要求，通过大部门制改革促进政府从行政控制型转向公共治理型。增强政府在公共服务提供中的主体地位和主导作用。此外，在和谐社会中，社会参与、基层自治、社会监督等是一个基本趋势。“多数人同意”将成为政府治理的基本原则。由此，推动政府从传统的行政控制型转向现代的公共治理型，应当成为大部门制改革的一个重要目标。
二是建立良好的公共治理结构。良好的公共治理结构是保障经济社会发展的基本前提。从我国新阶段出发，建立良好的公共治理结构不仅涉及决策权、执行权与监督权分离的问题，更重要的是适应现代社会中社会管理、公众参与对治理结构的要求。例如，建立决策、执行与监督相互分离、相互制约的格局，适应集中决策权，使行政决策有决策主体，有可问责主体，有明确的执行主体；完善包括行政体制内监督和社会公众监督在内的监督体制。
三是协调中央地方关系。20世纪90年代中期的财税体制改革并未划清中央与地方各级政府的事权，各级政府事权不清已成为政府转型的突出问题。因此，推进大部门制改革，需要深入研究如何明确各级政府事权？如何推进各级政府职能转变？如何建立中央对地方新的管理模式？更重要的是，如何推进包括中央政府在内的各级政府的全面转型？下放权力是重要的，问题的关键是要明确各级政府需要做哪些事。从现实情况看，在中央率先试行大部门制，而后逐步解决地方政府的转型问题，有利于进一步理顺中央地方关系。
三、大部门制将深刻触及以部门利益和地方利益为主的政府利益
在我国的经济社会生活中，政府利益已成为不可回避的问题，尤其以部门利益和地方利益最为突出。这些政府利益不仅导致某些改革走形变样，更重要的是，它使政府违背了“公众利益代表”的基本定位。大部门制改革将深刻触及政府利益问题，通过政府转型重塑政府的公众形象。
第一，在较长时期中，各级政府承担了一定的投资职能，成为经济建设的重要主体。这在促进经济发展的同时，也滋生了部门利益和地方利益。推进大部门制改革，弱化政府充当经济建设主体的角色，有助于消除政府利益的经济土壤。这也是政府转型的核心。
第二，决策与执行不分，是导致部门利益和地方利益的重要因素，也是产生机制性腐败的重要原因之一。通过大部门制改革，实现决策权与执行权的分离，可以有效解决政府利益问题。
第三，大部门制改革以政府转型为基本目标，有助于构建大市场、大社会。在大市场、大社会中，公众的社会参与意识与社会监督意识不断增强，这对重塑政府“公众形象”有积极的推进作用。
四、需要积极地推进大部门制改革
从大部门制改革对开启全面政府改革的作用与影响看，推进这项改革既不能犹豫再三，贻误时机，也不能贸然推进。需要站在全局的角度，在改革基本方向明确的前提下，综合设计大部门制的总体方案，统筹规划，积极稳妥地推进。
第一，要在经济社会发展全局最迫切的方面首先取得突破。从现实情况看，传统行政管理体制积累了诸多弊端，有些已经开始严重影响经济社会的发展。因此，推进大部门制的现实条件很重要，但更重要的是服从于我国经济社会发展全局的需要，在最迫切的领域率先取得突破。这包括大能源、大环境等。同时，在总体条件基本具备的领域着力推进大部门制，例如大交通。
第二，对于条件暂不具备的领域，可以先行研究、总体设计大部门体制方案，但不宜急于推进。我国正处于经济转轨和社会转型的关键时期，一些行政部门承担着重要的改革任务。在这些改革与转型任务没有完成之前，考虑到政府职能的阶段性需求，这些领域不宜急于推进大部门制。
第三，从我国经济社会发展看，实行大部门制应成熟一个推进一个。从现实情况出发，希望在短时期内完成大部门制改革也不现实。例如，中改院2007年改革年度调查问卷表明，大部分专家认为，全面推开大部门制至少需要3～5年。
第四，当前推行大部门制改革仍然是在中央层面进行的改革试点。从我国现实情况看，进一步明晰中央和地方各级政府的事权，尚需时日。鉴于此，大部门制改革不宜全面开花，可以选择1～2个省市进行试点。
由此看来，以大部门制为突破口，不能就行政体制改革而论行政体制改革，而是要通过这项改革解决一些影响全局的体制矛盾和不利因素，重新打造一个高效、廉洁、善治的政府。这既需要加大改革力度，也需要有一个有步骤推进改革的过程。
